В заповеднике с 1984 года действует станция фонового мониторинга. Станция работает в соответствии с договором между Росгидрометом, РАН и Госкомэколоией РФ. В 2009 г на СФМ проводились работы по определению загрязняющих веществ в сопряженных природных средах (воздухе, осадках, снежном покрове, поверхностных водах, почве, растениях, донных отложениях), а также радиационные и гидрометеорологические наблюдения. Наблюдения проводились по программе:

1. Комплексного фонового мониторинга (СКФМ)

2. Мониторинга трансграничного переноса (ЕМЕП)

3. Мониторинга парниковых газов

4. Загрязнение воздуха углеводородами (ОАР8)

5. Химического состава атмосферных осадков (ВМО)

6. Радиационного мониторинга.

Программа работ и наблюдений за 2009 год выполнена полностью. Отбор проб воздуха и осадков и основные метеонаблюдения проводились на полигоне станции. На территории заповедника отбирались пробы снежного покрова (кв.19), почвы и растительности (Родниковая поляна и кв.31), поверхностных вод (р.Пониковка), донных отложений (болото кв. 2-3). В кв.36 и Долах замерялись экстремальные температуры в воздухе и на почве (в теплое время года). В зимнее время в кв.5 (лиственный лес), кв .36 (хвойный лес) и Долах (балка) проводились наблюдения за снежным покровом (снегомерная съемка). Гидрологические наблюдения включали замер уровня грунтовых вод в 8 скважинах, расположенных на территории заповедника. Радиационные наблюдения проводились ежедневно на усадьбе заповедника (определялась мощность экспозиционной дозы). За год отобрано 1700 проб. Список загрязняющих веществ включает 25 ингредиентов (+ по программе ОАР8 -12 углеводородов). В пробах воздуха определялось содержание свинца, кадмия, ртути, ДДТ, ГХЦГ, 3,4-БП, пыли, сульфатов, диоксида серы и азота, фреонов, углеводородов (12 видов). В пробах осадков, снежного покрова, поверхностных вод определялось содержание свинца, кадмия, ртути, ДЦТ, ГХЦГ, 3,4-БП, катионов и анионов, трития. В пробах почвы, растительности, донных отложений определялось содержание свинца кадмия, ДЦТ, ГХЦГ, 3,4-БП. В лаборатории СФМ анализировались пробы воздуха на определение содержания взвешенных частиц, сульфатов, двуокиси азота и серы; пробы осадков на определение - катионов и анионов. Определения в пробах содержания тяжелых металлов, органических загрязнителей проводились в ИГКЭ, ГГО им. А.И Воейкова. Пробы воздуха и осадков отправлялись в центральные лаборатории еженедельно. В ноябре был установлен новый газовый счетчик в воздухозаборную установку «Кипарис».